Цибуля може зумовити проблеми зі здоров'ям у деяких осіб, але зазвичай вони не бувають особливо важкими. Вуглеводи, що містяться в цій рослині, можуть сприяти метеоризму та здуттю живота. Вживання цибулі (особливо у сирому вигляді) може посилювати печію в осіб із захворюваннями травного тракту.
Основні шкідливі якості цибулі полягають у його дратівливому ефекті на шлунково-кишковий тракт, що здатне провокувати загострення виразкових хвороб, гастриту, панкреатиту та коліту.
З обережністю свіжий овоч потрібно вживати людям із захворюваннями печінки – гепатитах, жировому гепатозі (переродженні органу), цирозі. Не рекомендують препарат при серцевій недостатності, порушенні ритмів серця. Не можна їсти сиру цибулю у період загострення бронхіальної астми, щоб не спровокувати напад.
Виявляється, неприємний запах з рота – не єдина причина не є сирий цибуля на ніч. Набагато гірше те, що він може сприяти утворенню газу, який підвищує тиск у шлунку, а це призводить до надходження кислоти назад у горло.