А в 1366–1368 роках за князя Дмитра Донського було зведено і перший кам'яний Кремль. З піднесенням Москви та зміцненням Московського князівства зростало і значення Кремля. Зі звичайного укріпленого центру міста він став резиденцією великого князя московського і митрополита.
За стінами фортеці площею 9 гектарів могли сховатися від небезпеки мешканці навколишніх посад. Згодом посади зростали. З ними зростала і фортеця. У XIV столітті за Івана Каліти побудували нові стіни Московського Кремля: зовні дерев'яні, обмазані глиною, усередині кам'яні.
У кремлі, як правило, знаходився княжий палац, головні кам'яні храми, садиби феодальної знаті та ремісничі майстерні, які обслуговували княжий двір. На підвищення обороноздатності кремлі намагалися будувати з урахуванням природних переваг рельєфу місцевості — на мисах біля злиття двох річок, на височинах тощо.
Сучасні стіни та вежі Кремля з червоної цегли були збудовані наприкінці XV ст. Князь Іван III, прозваний Великим, доручив архітекторам із Північної Італії оновити вигляд Кремля. Будівництво почалося 1485 року. Першою була зведено Тайницьку вежу під керівництвом італійського архітектора Антона Фрязіна.