Ектодерма формує нервову систему (у хребетних: спинний мозок, периферійні нерви та головний мозок), зубну емаль та епідерміс (шкірний епітелій). Також він утворює органи чуття, епітелій переднього та заднього відділів травної системи.
з ектодерми розвиваються зовнішні покриви та нервова система (головний і спинний мозок); з ентодерми – травна та дихальна (повітроносні шляхи та легені) системи; з мезодерми – скелет, м’язи, кров і деякі внутрішні органи.
Із самого зовнішнього шару клітин – ектодерми – утворюються покривні тканини та нервова система. Похідні ектодерми виконують переважно покривну та чутливу функції.
З Е. у процесі розвитку зародка утворюється стінка первинної кишки, з якої потім розвивається слизова оболонка всього кишечнику та пов’язані з кишковим каналом залози (печінка, підшлункова залоза та ін.); крім того, з Е. в риб утворюється плавальний міхур і внутрішні зябра, а у вищих хребетних – легені.