На сьогоднішній день служба охорони ФДБУ «Байкальський державний заповідник» – це 7 мобільних, оснащених транспортом високої прохідності, сучасними засобами зв'язку та технікою фіксації (відеокамери, фотоапарати, GPS навігатори, єгерські відеореєстратори та ін.) оперативних груп.
Байкальський заповідник, Кабанський і Алтачейский заказники є природними територіями федерального значення, що особливо охороняються, і підпорядковані Міністерству природних ресурсів і екології Російської Федерації.
До найбільш охоронюваних представників флори відносяться: касатик гладкий, черевик крупнокольоровий, вітряниця байкальська, костенець алтайський, сверція байкальська, радіола рожева, цибулинна каліпс, неоттіана клобучкова, рапонтикум сафлороподібний.
Основним завданням, покладеним законом на державні природні заповідники, є здійснення охорони природних територій з метою збереження біологічного розмаїття та підтримки в природному стані природних об'єктів, що охороняються.